Perkembangan Sistem Klasifikasi (Kingdom & Domain)

Pada bab sebelumnya, kita sudah membahas sistem 2 kingdom, sekarang kita akan membahas perkembangan sistem klasifikasi makhluk hidup selanjutnya. Secara tradisional, buku teks di Amerika Serikat (juga di Indonesia) menggunakan sistem enam kingdom (Animalia, Plantae, Fungi, Protista, Archaea/Archaebacteria, dan Bacteria/Eubacteria). Sementara buku teks di beberapa negara lain menggunakan lima kingdom (Animalia, Plantae, Fungi, Protista, dan Monera). Beberapa klasifikasi makhluk hidup model baru yang berdasarkan kladistika malah sudah meninggalkan istilah "kingdom." ^[1]

Sistem Klasifikasi Tiga Kingdom

Pada tahun 1866, Ernst Haeckel mengusulkan kingdom ketiga, yaitu Protista, untuk "organisme netral" yang bukan tumbuhan dan bukan juga hewan. Haeckel merevisi isi dari kingdom ini beberapa kali sebelum menetapkan pemisahannya berdasarkan apakah organisme uniseluler (Protista) atau multiseluler (hewan dan tumbuhan). Ketiga kingdom versi Haeckel adalah:

• Kingdom Plantae
• Kingdom Protista
• Kingdom Animalia ^[2]

Sistem Klasifikasi Dua Empire

Apa itu empire? Empire adalah satu tingkatan di atas kingdom atau superkingdom, yang akhirnya nanti akan disebut sebagai domain. Pada tahun 1925, adalah Édouard Chatton, seorang yang pertama yang menandai perbedaan antara eukariotik dan prokariotik pada sistem organisasi seluler. Dua istilah ini muncul dalam makalah yang berjudul "Pansporella perplex: Reflections on the Biology and Phylogeny of the Protozoa." Dua empire ini adalah:

• Empire Prokaryota
• Empire Eukaryota ^[3]

Sel prokariotik adalah sel yang tidak memiliki nukleus (inti sel yang terbungkus membran), sehingga Superkingdom Prokaryota ini diisi oleh makhluk hidup yang memiliki struktur sel prokariotik. Sel eukariotik adalah sel yang memiliki nukleus (inti yang terbungkus membran), sehingga Superkingdom Eukaryota ini diisi oleh makhluk hidup yang memiliki struktur sel eukariotik.

*Agar tidak membingungkan, biasanya sistem ini dilewati dan idenya digabungkan ke sistem empat kingdom, agar siswa menjadi lebih mudah menghafalkan.

Sistem Klasifikasi Empat Kingdom

Tahun 1938, Herbert F. Copeland mengusulkan klasifikasi empat kingdom, yang mengangkat kelas protista, bakteri (Monera) dan alga biru-hijau (Phycochromacea) menjadi filum pada Kingdom Monera. Keempat kingdom ini adalah:

• Kingdom Monera
• Kingdom Protista
• Kingdom Plantae
• Kingdom Animalia

Karena sangat penting untuk membedakan prokariota dan eukariota, tahun 1960-an, Stanier dan van Niel mempopulerkan kembali ide Édouard Chatton, sehingga untuk pertama kali superkingdom/empire/domain menjadi tingkatan formal. Sehingga empat kingdom di atas dapat dituliskan menjadi:

• Empire Prokaryota: Kingdom Monera
• Empire Eukaryota: Kingdom Protista, Kingdom Plantae, Kingdom Animalia

Sistem Klasifikasi Lima Kingdom

Perbedaan antara fungi dan organisme lain yang dikelompokkan menjadi tumbuhan sudah diketahui dari dulu. Haeckel misalnya, telah menggolongkan fungi keluar dari tumbuhan ke dalam Kingdom Protista, tetapi ini juga belum tepat. Robert Whittaker pada tahun 1969 mengusulkan kingdom tambahan untuk fungi, sehingga terbentuklah sistem lima kingdom. Ini didasarkan pada perbedaan organisme dalam mendapatkan makanan (nutrisi), tumbuhan adalah autotrof multiseluler, hewan adalah heterotrof multiseluler, dan jamur adalah saprotrof multiseluler, sisanya Protista dan Monera adalah uniseluler. Sistem lima kingdom ini sangat populer dan sekarang masih ada yang menggunakannya sebagai standar pembelajaran. Sistem ini dapat dikombinasikan dengan tingkat empire menjadi:

• Empire Prokaryota: Kingdom Monera
• Empire Eukaryota: Kingdom Protista, Kingdom Plantae, Kingdom Fungi, Kingdom Animalia ^[4]

Sistem Klasifikasi Enam Kingdom

Carl Woese et al. (et al berarti dan kawan-kawan), mengusulkan bahwa Empire Prokaryota tidak semestinya hanya mempunyai satu kingdom, karena organisme-organisme pada Kingdom Monera lebih tepat dikelompokkan menjadi dua kingdom, yaitu Kingdom Eubacteria/Bacteria dan Kingdom Archaebacteria/Archaea. Lalu apa bedanya Bacteria dan Archaea? Secara singkat Archaea mempunyai RNA polimerase yang lebih kompleks dari Bacteria, yang mirip dengan Eukarya, kemudian dinding sel Archaea tidak mengandung peptidoglikan seperti pada Bacteria. ^[5] Ini akan dipelajari lebih mendalam pada bab selanjutnya.

Sistem ini dapat dituliskan menjadi:

• Kingdom Bacteria
• Kingdom Archaea
• Kingdom Protista
• Kingdom Plantae
• Kingdom Fungi
• Kingdom Animalia

Tahun 1990, Woese et al. memodifikasi sistem sebelumnya dengan meningkatkan peringkat Bacteria dan Archaea menjadi domain, lalu menambahkan Domain Eukarya di atas sisanya. Sistem ini kemudian terkenal dengan sistem tiga domain:

• Domain Archaea
• Domain Bacteria
• Domain Eukarya: Kingdom Protista, Kingdom Plantae, Kingdom Fungi, Kingdom Animalia ^[6]

Sistem ini adalah sistem yang sudah sangat luas diadopsi, sehingga mungkin siswa hanya cukup mengerti sampai di sini. Meskipun demikian, beberapa bagian dari sistem ini ditentang oleh beberapa ilmuwan seperti Ernst Mayr, Thomas Cavalier-Smith, dan Radhey Gupta. Hal ini cukup dapat dipahami karena perkembangan teknologi seperti mikroskop dan alat observasi lain membuat munculnya perbedaan-perbedaan yang terlalu jelas untuk tidak memisahkan beberapa kelompok organisme.

Sistem Kingdom Cavalier-Smith

Thomas Cavalier-Smith awalnya mempublikasikan sistem delapan kingdom tahun 1993, tetapi kemudian merevisinya menjadi enam kingdom tahun 1998. Sistem delapan kingdom (1993) adalah:

• Kingdom Eubacteria
• Kingdom Archaebacteria
• Kingdom Archaezoa
• Kingdom Protozoa
• Kingdom Chromista
• Kingdom Plantae
• Kingdom Fungi
• Kingdom Animalia

Sistem enam kingdom (1998) adalah:

• Empire Prokaryota: Kingdom Bacteria — termasuk Archaebacteria sebagai subkingdom
• Empire Eukaryota: Kingdom Protozoa, Kingdom Chromista, Kingdom Plantae, Kingdom Fungi, Kingdom Animalia

Yang baru adalah Chromista, yaitu alga yang kloroplasnya mengandung klorofil a dan c, juga beberapa bentuk tidak berwarna yang berkaitan erat dengan klorofil itu. ^[7]

Sampai sekarang belum ada konsensus mengenai mana sistem yang paling benar, karena semuanya memiliki unsur subyektif dari peneliti-peneliti tersebut. Saat ini sepertinya para peneliti lebih menyukai metode yang berdasarkan teori evolusi, Filogenetik misalnya, menggunakan urutan genom untuk mengelompokkan dan mengurutkan makhluk hidup.